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Clima típicamente árido templado con marcada influencia del centro ciclónico del noroeste argentino, con tendencia al cálido en el sector de la depresión del río Mendoza, al noreste del departamento. La cercana ciudad de San Martín registra una temperatura media anual de 15,7º con variaciones desde una máxima absoluta de 41,2º hasta una mínima absoluta de -7,5º.

La precipitación media anual alcanza escasamente los 192 mm/año, con una frecuencia de 38 días de lluvia. Predominan los vientos del cuadrante sudeste siguiendo en intensidad los del sur, aunque las calmas superan ampliamente las restantes frecuencias.

Junín está ubicado en la unidad morfológica de las planicies del este mendocino. Su límite occidental se recuesta en el piedemonte. El sector oriental del departamento está integrado netamente a la unidad denominada llanura de la Travesía. Esta es una enorme cuenca de recepción formada por los depósitos fluviales y lacustres del Terciario y Cuaternario Inferior y que posteriormente al acentuarse la aridez del clima, sufrieron los efectos del viento e inundaciones esporádicas que formaron un relieve positivo de dunas y peladares, con cubierta de material arcilloso, en las depresiones.

El territorio es cultivado en casi su totalidad, sólo en algunos sectores mínimos es posible encontrar la vegetación natural muy transformada por el hombre. Ya sea en forma directa para su utilización como leña, o indirectamente al variar las condiciones del suelo por el riego y desagües. La vegetación natural es muy pobre a pesar de que la totalidad del departamento está incluida en la formación del algarrobal, la más extensa unidad de la Provincia que abarca todas las planicies del este mendocino y que se asienta en suelos de origen lacustre, fluvial y eólico. El elemento principal y característico de esta formación es Prosopis flexuosa (algarrobo dulce); pero gran parte de los ejemplares de este bosque ha sido talado para su uso o bien han desaparecido para ser reemplazados por los cultivos permanentes de vid, olivos y frutales que caracterizan al Departamento.

En el sector coexisten tres tipos de suelo:
Clase 1: Este tipo de suelo es altamente apropiado para riego, presentando mínimas limitaciones que restrinjan su uso. Se adapta a una amplia variedad de cultivos gracias a su textura predominantemente arenosa, franco-arenosa y arenoso-fina. Los suelos son profundos, con más de 2.0 metros, y generalmente presentan una topografía llana sin problemas de drenaje. Además, debido a sus buenas características de permeabilidad, tienen un bajo costo de lavado.
Clase 2: Estos suelos son moderadamente apropiados para riego y poseen algunas limitaciones que reducen la elección de cultivos o requieren prácticas especiales de manejo. Predominan texturas franco-arenosas y arenosas con capas franco-arcillosas, lo que genera problemas de drenaje. Son profundamente profundos (más de 2.5 m), y la topografía es llana. Se observan problemas de drenaje principalmente en el centro este de Rodríguez Peña y partes centrales y este de Medrano, debido a capas compactas franco-arenosas a arcillosas con eflorescencias y concreciones yesosas de baja permeabilidad. Es crucial manejar cuidadosamente el riego para evitar problemas de salinidad. Las limitaciones específicas incluyen una profundidad de 1.2 m a 0.8 m, presencia de capas de permeabilidad lenta y suelos de textura arenosa a gruesa con baja retención hídrica, además de topografías con médanos y ondulaciones que implican altos costos de sistematización para riego.
Clase 3: Apropiados para el riego, estos suelos presentan limitaciones que reducen la elección de cultivos o requieren prácticas especiales de manejo, o ambas. Alcanzan profundidades superiores a los 2.0 m y presentan una topografía llana. Existen sectores con este tipo de suelo en los distritos de Medrano, Rodríguez Peña y Los Barriales.

Recurso Hídrico Superficial La superficie de la zona está bien irrigada ya que el agua es abundante, de excelente calidad en general y los canales están impermeabilizados, por lo que toda la superficie cuenta con derechos de riego permanentes. Como se ha visto en las estadísticas del INA (Instituto Nacional del Agua), el contenido salino en general que presenta el agua de riego superficial en el departamento como mínimo alcanza los 1.181 microS/cm mientras que en el resto del espacio los valores son superiores a 1250 microS/cm; se mantiene en una salinidad intermedia, lo que permite asegurar que es apta para riego de todo tipo de cultivo.

Nivel freático Según la información otorgada por el INA, el comportamiento del nivel freático- como en los demás sectores del departamento – varía según la estación; así los niveles freáticos más críticos son los de mayo y septiembre debido a los excesos de volúmenes de riego, causando el ascenso del nivel freático. En cambio, los meses favorables son febrero y marzo. Dentro del departamento de Junin, existen zonas que presentan niveles críticos llegando a valores de 1 a 1.5 m en el distrito de Medrano. En el resto del espacio la profundidad disminuye hasta un valor de 2 m abarcando parte de Los Barriales y el sur de Medrano. Le siguen en valor aunque mayor, de 1.5 a 2.0 m tres subsectores ubicados: uno en forma de anillo al norte de Los Barriales; otro en el extremo sudeste de Medrano y el tercero de pequeña extensión, en el extremo sudoeste también de Medrano con moderada restricción y con un rendimiento de cultivos del 80%, por último con más de 2.5 m, sin restricciones y con un rendimiento de los cultivos de 100% aparece un sector en el costado oeste de los distritos de Rodríguez Peña y Medrano.